Ash, Dawn và Brock đến thành phố Crown để xem giải bóng đá Pokémon. Trên đường đi, họ gặp Zorua, một Pokémon nhỏ đang tìm mẹ – Zoroark, bị Grings Kodai, một doanh nhân độc ác, bắt cóc để phục vụ cho âm mưu đen tối. Kodai muốn khai thác sức mạnh "Dòng thời gian" – một hiện tượng kỳ bí giúp hắn nhìn thấy tương lai. Để đánh lừa dân chúng và che giấu kế hoạch, Kodai ép Zoroark dùng khả năng tạo ảo ảnh để giả dạng ba Pokémon huyền thoại: Entei, Raikou và Suicune, khiến cả thành phố hoảng loạn. Trong khi đó, Pokémon huyền thoại Celebi – người bảo vệ dòng thời gian – quay trở lại sau nhiều năm vắng bóng và trở thành mục tiêu tiếp theo của Kodai. Ash và các bạn phải hợp sức bảo vệ Celebi, giải cứu Zoroark, và vạch trần âm mưu của Kodai trước khi hắn kiểm soát được thời gian một lần nữa. Cuối cùng, nhờ lòng dũng cảm và tình cảm gắn bó giữa Zoroark và Zorua, âm mưu của Kodai bị đập tan, thành phố được cứu, và Celebi tiếp tục canh giữ hòa bình của thời gian.
