Câu chuyện tập trung vào Ishikawa Goemon, một kiếm sĩ huyền thoại – thành viên trong băng của Lupin. Đây là phần phim khám phá sâu hơn quá khứ và tâm lý của Goemon, thời điểm anh còn chưa hoàn toàn gia nhập nhóm của Lupin. Sau khi được thuê làm vệ sĩ cho một trùm yakuza, Goemon thất bại trong việc bảo vệ ông ta khỏi một sát thủ máu lạnh tên Hawk – kẻ mang cơ thể gần như bất hoại và kỹ năng chiến đấu khủng khiếp. Cảm thấy danh dự bị tổn thương, Goemon bắt đầu hành trình truy đuổi Hawk để phục thù và chuộc lại lỗi lầm, cũng như để rèn luyện bản thân trở thành kiếm sĩ hoàn hảo. Trong quá trình đó, Goemon va chạm với Lupin, Jigen và Fujiko – từ đó dẫn đến mối liên kết định mệnh giữa họ.
