X-Files đã bị đóng cửa, Mulder và Scully bị chia cắt. Scully dạy học tại Học viện FBI ở Quantico, Virginia, trong khi Mulder được giao nhiệm vụ giám sát. Với Đặc vụ Alex Krycek là cộng sự mới của mình và X bí ẩn là nguồn thông tin mới, Mulder phải vật lộn để duy trì cuộc tìm kiếm sự thật. Nhưng trớ trêu thay, chính Scully là người trải nghiệm cuộc gặp gỡ gần gũi mà Mulder đã mong đợi, thực hiện một hành trình cuối cùng sẽ đưa hai đặc vụ trở lại với nhau và tạo nên mối liên kết khiến họ gần gũi hơn bao giờ hết.
