Lấy bối cảnh năm U.C. 0123, 30 năm sau các sự kiện của Char's Counterattack, phim xoay quanh cuộc tấn công bất ngờ của tổ chức Crossbone Vanguard vào các thuộc địa không gian yên bình. Chàng thiếu niên Seabook Arno vô tình trở thành phi công của mẫu thử nghiệm Gundam F91 để bảo vệ bạn bè và gia đình khỏi sự tàn sát của kẻ thù. Trong khói lửa chiến tranh, Seabook phải đối đầu với "Sắt Mặt Nạ" Carozzo Ronah và tìm cách giải cứu người bạn Cecily Fairchild khỏi vòng vây của gia tộc quý tộc độc tài đang âm mưu thiết lập một trật tự thế giới mới.
