Câu chuyện xảy ra trong 400 năm sau của tương lai. Con người trải qua từ đời này đến đời khác, họ cứ thế sinh tồn mà không biết rằng trong cái thế giới đen tối mà họ đang ở bị sự thống trị của Bregana. Nữ sát thủ Aeon Flux nhận nhiệm vụ ám sát độc tài Trevor Goodchild. Càng dấn thân vào nhiệm vụ, những thông tin mà Aeon tìm được càng khiến cô bối rối.