Nhận thức được sự hiện diện của mình chỉ khiến Scully và William gặp nguy hiểm, Mulder một lần nữa biến mất — nhưng ít nhất lần này là do anh ta lựa chọn. Một Đặc vụ Doggett thất vọng cố gắng tìm Mulder để anh ta có thể tiếp tục cuộc điều tra chống lại Phó giám đốc Kersh, nhưng Scully và Skinner cuối cùng đã thuyết phục anh ta từ bỏ vụ án của mình. Tuy nhiên, ngay cả khi Scully giúp Đặc vụ Doggett và Đặc vụ Reyes trong một số vụ án của họ, cô nhận ra William vẫn gặp nguy hiểm. Khi cô biết được một giáo phái tôn giáo muốn giết con trai mình, cô quay sang Lone Gunmen. Nhưng ngay cả họ cũng không thể ngăn William bị bắt cóc, một sự thật buộc Scully phải đưa ra một quyết định đau đớn. Tuy nhiên, ngay cả trong giờ phút đen tối nhất, cô nhận được tin rằng Mulder đã được tìm thấy — và đang bị giam giữ trong một nhà tù quân sự vì tội giết một người đàn ông không thể chết.