Sau khi Mulder mất tích, Scully trở về trụ sở FBI và thấy Đặc vụ John Doggett đang chỉ đạo cuộc truy lùng của FBI đối với cộng sự của cô. Biết rằng kiểu tìm kiếm đó sẽ vô ích, Scully và Skinner chuyển sang Lone Gunmen với hy vọng khám phá thông tin về hoạt động UFO bổ sung vào thời điểm Mulder mất tích. Mặc dù thông tin đó dẫn họ đến Gibson Praise, nhưng người đàn ông đi cùng Gibson, một người đàn ông có vẻ là Mulder, thực chất là một thợ săn tiền thưởng ngoài hành tinh. Cuối cùng nhận ra rằng Mulder sẽ không dễ dàng bị tìm thấy, Đặc vụ Doggett chính thức được giao nhiệm vụ vào X-Files. Bây giờ, sau tất cả những gì cô đã trải qua với Mulder, thì Scully mới là "người tin tưởng" và phải tìm cách làm việc với "người hoài nghi", John Doggett.