Đại Tướng Quân kể về những năm 1600 vào buổi bình minh của Trận chiến Sekigahara. Khi cuộc bao vây của kẻ thù đến gần Lãnh chúa Yoshii Toranaga, chỉ huy quân sự mạnh nhất thời Sengoku, một hoa tiêu người Anh tên là James Blackthorne, người đến mang theo những bí mật có thể cứu anh ta khỏi tình trạng khó khăn, trôi dạt vào lãnh thổ của anh ta. Toranaga ra lệnh cho Mariko, một nữ quý tộc tôn giáo bí ẩn có thể nói tiếng Anh, phiên dịch cho Blackthorne (người sau này được biết đến với cái tên Anjin) và một mối quan hệ bắt đầu hình thành giữa hai người. Khi chiến tranh nổ ra, số phận của họ đan xen khi họ di chuyển giữa bối cảnh chính trị nguy hiểm này trong khi bị cuốn vào cuộc tranh giành quyền lực giữa hai lãnh chúa quyền lực nhất.