Cuộc sống trở lại trên tàu du lịch sau Bài kiểm tra Đặc biệt trên Đảo hoang hoàn toàn không phải là một chuyến hải trình êm ả. Ngay sau khi trở về, các học sinh năm nhất của Trường Trung học Giáo dục Nâng cao Thủ đô Tokyo phải đối mặt với một bài kiểm tra đặc biệt khác, nơi cả điểm số của lớp lẫn cá nhân đều được đặt lên bàn cân. Bên cạnh bộ quy tắc phức tạp, nhiều rắc rối mới lại phát sinh từ phía Kakeru Ryuuen và Kei Karuizawa. Tức giận trước kết quả của bài kiểm tra trước, Ryuuen quyết tâm vượt mặt mọi lớp trong thử thách mới này bằng bất cứ thủ đoạn nào. Trong khi đó, Karuizawa—một trụ cột quan trọng của Lớp D—lại đang cận kề bờ vực sụp đổ dưới áp lực từ quá khứ đen tối của mình. Sân khấu giờ đây đã được dọn sẵn để Kiyotaka Ayanokouji một lần nữa—bằng tất cả sự tính toán, tầm nhìn xa và sự thao túng tàn nhẫn của mình—dẫn dắt Lớp D đến chiến thắng giữa lúc các thế lực thù địch nguy hiểm đang tìm cách hạ bệ họ.